昌吉职业技术学院旗舰专业包括药学、电气自动化技术、护理学、机电一体化技术、自动化生产设备应用、电子信息工程技术、机电设备维护与管理、机械制造与自动化、焊接技术、，电力系统自动化技术等，被认为是比较好的专业。以下是具体列表，供您参考。如有变更，以学校发布的最新信息为准。
1、昌吉职业技术学院ACE专业名单
《高等职业教育创新与发展行动计划（2015-2018）》确定了骨干专业：制药、电气自动化技术、护理、机电一体化技术
专业名称专业特点电气自动化技术自治区级特色专业自动化生产设备应用学院就业率高、社会声誉好的重点专业电子信息工程技术学院就业率高、社会声誉好的重点专业机电一体化技术中央财政支持的高等职业院校提升专业服务能力建设专业机电设备维修与管理自治区特色专业机械制造与自动化自治区首批示范校建设重点焊接技术国家高技能人才培训基地重点建设专业电力系统自动化技术自治区特色专业电力系统自动化技术（清洁能源）自治区特色专业热能动力设备与应用自治区示范项目建设专业和重点建设专业矿山机电自治区涉煤人才紧缺建设专业护理自治区精品专业助产自治区精品专业药学国家首批中等职业教育改革发展示范学校重点建设专业、新疆维吾尔自治区精品专业医学检验技术国家首批中等职业教育改革发展示范学校重点建设专业、新疆维吾尔自治区精品专业
2、昌吉职业技术学院简介
新疆昌吉职业技术学院是经教育部批准成立的公办全日制普通高等职业院校。是新疆首批“示范性高职院校”之一，也是新疆维吾尔自治区教育厅批准的具有自主招生资格的高职院校（专科）之一。2017年8月，学院被选为教育部第二批现代学徒制试点单位。
学院是自治区首批高职院校示范学校之一，自治区技术教育联盟第一任主席单位，自治区优质高职院校建设项目单位。先后荣获“全国职业教育先进单位”、“首批国家高技能人才培养基地”、“全国十大办学单位”、“全国校园文化建设百强示范学校”、“自治区新疆开发建设优秀证书”，“自治区文明单位”、“自治区职业培训先进单位”、“自治区就业先进单位”、“自治区文明单位”、“自治区法治模范学校”、“自治区劳动模范之家”，“自治区高校就业指导监督测评优秀单位”、“自治区大学生思想政治教育优秀单位”、“昌吉州先进学校”、“昌吉州民族团结进步先进集体”等一系列奖项。
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