两大源头：
第六军医大学
1946年，创建松江军区医学院；
1947年，创建合江地区卫生学校；
1949年，松江军区医学院、合江地区卫生学校合并，组建中国人民解放军东北军区卫生学校；
1949年，更名中国人民解放军第四野战军医科学校；
1949年，南昌医学院（可追溯至中正医学院）、第四野战军医科学校合并，组建中国人民解放军华中医学院。
1950年，更名中国人民解放军中南军区医学院；
1951年，更名中国人民解放军第四军医学院；
1952年，更名中国人民解放军第六军医大学。
第七军医大学
1941年，建立太岳军区卫生部卫生教导队；
1944年，更名太岳军区卫生部看护训练班；
1946年，更名晋冀鲁豫军区太岳卫生学校；
1948年，更名中原军区四纵队卫生学校；
1948年，中原军区四纵队卫生学校、国立河南大学（医学院中留开封部分）合并组建中原大学（医学院）；
1949年，中原大学（医学院）分出，改建中国人民解放军第二野战军医科大学；
1950年，更名中国人民解放军西南军区卫生部医科大学；
1951年，更名中国人民解放军西南军区医学院；
1951年，更名中国人民解放军第二军医学院；
1952年，更名中国人民解放军第七军医大学。
合并至今：
1954年，第六军医大学并入第七军医大学。
1965年，野战外科研究所并入。
1969年，迁往上海，1975年迁回重庆。
1975年，第七军医大学更名中国人民解放军第三军医大学。
1981年，经国务院批准，学校成为全国首批博士和硕士学位授予单位。
1999年，解放军成都医学高等专科学校并入，成为第三军医大学成都军医学院。
2004年，第三军医大学（成都军医学院，原解放军成都医学高等专科学校部分）分出，移交地方建立成都医学院。
2017年，根据军委统一部署安排，自6月10日0时起，第三军医大学划归陆军建制领导管理。中国人民解放军第三军医大学学校更名为中国人民解放军陆军军医大学。
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