在福建省内甚至在国内，个人一直觉得武夷学院（以下简称学院）是非常特别且有个性的本科院校；原因主要有二：其一它是国内高校逆向迁址的代表之一，其二它的命名方式在省内乃至国内都是非常独特的。
学院所在地武夷山市原名崇安县，因县东南有崇溪绕县城东南下得名；1989年8月改为县级武夷山市，以风景名胜武夷山命名。也就是说武夷学院的所在地武夷山市是因武夷山而得名。武夷山的由来有两种说法：相传唐尧时长寿老翁彭祖菇芝饮瀑，隐于此山生有二子，长曰武、次曰夷，二人开山挖河、疏导洪水，后人为纪念他们就把此山称为武夷山；据明张宇初《武夷山志序》：昔有神人受帝命统录地仙，降于山巅，自称武夷君，山因此得名。
学院的前身可溯源至1958年12月依托南平师范学校而设立的南平师范专科学校，至今已有63年历史；1959年在南平城西官沙田独立建校，并于次年正式入住。
1961年南平师专迎来发展转机，与福州师范学院（另说福州师范专科学校）合置为南平师范学院并于次年开始本科招生。
1963年7月南平师范学院与厦门师范学院、泉州师范学院、漳州师范专科学校在漳州合并为福建第二师范学院；自此灿烂却短暂的南平师范学院暂别历史的舞台，虽然停办了，但这段经历也为学院后期发展积累了宝贵的经验。
1978年南平师专获批复办并更名为建阳师范专科学校，这意味着学院重新进入了创业的阶段，1980年改为南平师范专科学校并于1994年3月改为南平师范高等专科学校。
再后来学院就开始了它“野蛮生长”的模式，2002年8月南平市觉得在武夷山市筹建武夷高教园区并且将南平师范高等专科学校作为首批入园院校来筹建武夷学院。此举是非常有魄力的，其一是规划用地3000亩并于当年10月正式开工，其二是在新时期开启了高校由主城区到区县的“逆向迁移”。
2003年9月随着一期工程竣工，学院陆续从南平市延平区迁往武夷山市办学；2007年5月南平南平师范高等专科学校正式升格为武夷学院。这次迁校不仅让学院有了更广阔的发展空间，也让学校的办学特色更加明显。
当初南平师范高等专科学校升本的时候，新校名是有很多可选方案的：从遵循历史这方面来说可命名为南平师范学院，因为当时还是师范类高校；以所在城市地命名的话可以命名为南平学院、武夷山学院或武夷山师范学院，前二者是很符合当时高校命名规律的，毕竟那个时期出现了宜宾学院、红河学院等很多类似ID；另外以世界文化与自然遗产地武夷山命名、甚至命名为闽北学院也是可以理解的。
南平学院、南平学院、武夷山学院、武夷山师范学院、闽北学院这些ID都没使用，最终使用了武夷学院之名；作为南平市境内唯一的本科院校，没有以南平命名，也并非以所在地武夷山市命名，甚至不是以武夷山命名，因为不管是以武夷山是还是武夷山命名，都应该叫作武夷山学院，这也成为它的特别之处，颠覆了国内一般高校的命名规律，那武夷学院究竟是因何命名的呢，追根溯源来看，它是取武夷山地名来源，因武夷君这一个人或说是以彭祖的两个儿子彭武和彭夷的名字命名的。
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